Kondisi sarana dan prasarana di UPT SMP Negeri 39 Medan menjadi perhatian Komisi II DPRD Kota Medan. Minimnya fasilitas pendidikan dan sejumlah ruang kelas yang dinilai membutuhkan pembenahan mendorong dewan meminta Pemerintah Kota Medan segera melakukan perbaikan demi menunjang proses belajar mengajar.